宝蔵寺の創建の時期は明らかではありませんが、古くより隣接する産土（うぶすな）神社の宮寺として並立し、神社を管理していたと伝えられています。

本尊である木造阿弥陀如来立像が藤原末期から鎌倉初期の製作であり、前庭に残る十三重石塔の一部は藤原初期のものであることを踏まえると、少なくとも800年以上の歴史があると考えられます。
そのような宝蔵寺も、明治期の廃仏毀釈運動による激しい弾圧で、一時その法灯も途絶えそうになるところ、昭和40年代に大阪長柄の摂津国分寺の末寺となり、昭和50年代に御本山の霊明殿を本堂として移築。本格的な再興を果たしました。

時代の波に翻弄されながらも、地域の人々に守られ、寺歴を紡いできた宝蔵寺。
現在でも地蔵盆等の行事を通じてふれあいの機会をつくるとともに、四条畷や西中島に寺院墓地を設け、各地で人々の心の拠り処としての役割を担っています。